یکی از اهداف اصلی معاونت پژوهشی دانشکده، ترغیب همکاران و ایجاد زمینه مناسب برای توسعه طرح­های پژوهشی کاربردی در دانشکده است. طرح پژوهشی کاربردی به شکل قرارداد پژوهشی بین پردیس فنی (دانشگاه) و بخش خصوصی یا دولتی خارج از دانشگاه (صنعت) منعقد می­‌گردد.

فرآیند معمول اجرایی یک قرارداد پژوهشی کاربردی به شکل زیر می باشد:

الف) تعریف پروژه پژوهشی کاربردی

      تعریف پروژه و بازاریابی آن به یکی از اشکال زیر انجام می­گردد:

• دفتر ارتباط با صنعت دانشگاه، پردیس و/یا دانشکده در قالب تفاهم نامه های همکاری با بخش صنعت، یا انجام نشستهای علمی و فنی مشترک، فهرستی از پروژه­های پژوهشی کاربردی را که توسط واحد صنعتی تهیه شده است از طریق معاونت پژوهشی دانشکده به اعضای هیات علمی اطلاع رسانی می کند. اعضای هیات علمی بسته به تخصص، تجربه و علاقه خود، موضوع پژوهشی مرتبط را انتخاب و فرمهای تعریف پروژه را تکمیل می­کند. در حال حاضر، معاونت پژوهشی پردیس موضوعات پژوهشی را به دستههای موضوعی تقسیم بندی نموده اند که هر دسته یک رابط پژوهشی دارد. اعضای محترم هیات علمی می توانند با رابط مربوطه کلیه ابهامات یا نیازهای خود را برای تعریف پروژه یا ارتباط با کارفرما مطرح و پیگیری نمایند.
• یکی از موسسات یا مراکز پژوهشی در دانشگاه، پردیس یا دانشکده پل ارتباطی بین اعضای هیات علمی و صنعت بوده و اقدام به تعریف پروژه پژوهشی کاربردی با یک عضو هیات علمی خاص یا با اعلان عمومی مثلا طرح های اینترنشیپ (طرح های با مبالغ نسبتا جزئی که بصورت کوتاه مدت بین یک استاد و چند دانشجو با صنعت منعقد میگردد و یکی از مشکلات روز و نسبتا جزئی صنعت را حل می کند) می نماید.
• فرد هیات علمی با توجه به ارتباطات شخصی خود در خارج دانشگاه، اقدام به تعریف پروژه پژوهشی کاربردی با کارفرما می نماید. خروجی این مرحله، یک یا چند تعریف پروژه مصوب با صنعت می باشد که ممکن است در کنار آن مواردی همچون امضای تفاهم نامه یا سخنرانی علمی نیز مطرح شود.

ب) عقد قرارداد پژوهشی کاربردی

• بسته به اینکه تعریف پروژه توسط فرد هیات علمی یا موسسه/مرکز پژوهشی باشد قرارداد با معاونت پژوهشی پردیس  یا موسسه پژوهشی منعقد می­گردد و توسط ریاست مربوطه امضا می­گردد. اگر مبلغ قرارداد از یک میزان بیشتر باشد قرارداد با دانشگاه منعقد خواهد شد و توسط ریاست دانشگاه امضا میشود. اینکه قرارداد با کدام بخش دانشگاه منعقد گردد روی میزان بالاسریها موثر خواهد بود. بطور کلی 12.5% از مبلغ کل قرارداد بالاسری دانشگاه است که 5% آن به دانشگاه، 2.5% به پردیس و 5% به دانشکده می­رسد.
• برای عقد قرارداد، ابتدا متن قرارداد توسط کارفرما یا عضو هیات علمی تهیه می شود. متن قرارداد برای پیگیریهای اداری در اختیار مسئول پژوهشهای کاربردی (داخلی 4449) قرار می­گیرد.
• متن قرارداد به کارفرما ارسال شده و به تایید و تصحیح واحد حقوقی کارفرما می­رسد.
• متن تغییریافته یا تهیه شده توسط کارفرما، به دانشگاه ارجاع شده و توسط بخش پژوهشهای کاربردی بررسی و تایید میشود. در این مرحله ممکن است چند بار متن قرارداد بین دانشگاه و کارفرما مبادله تا نهایی شود.
• متن قرارداد معمولا در سربرگ کارفرما به تعداد دو تا پنج نسخه تکثیر شده و برای امضا به دانشگاه ارسال می­شود.   
• قبل از امضای قرارداد توسط ریاست دانشگاه، پردیس، دانشکده یا موسسه، یک موافقت نامه اجرایی بین عضو هیات علمی مجری و بخش مربوطه در دانشگاه امضا میشود. در این تفاهم نامه اگر بیش از یک عضو هیات علمی در کار مشارکت داشته باشند درصد مشارکت تعیین شده و نحوه هزینه کرد (پرسنلی، مصرفی، سرمایه ای) مشخص میگردد که مبنای تسویه حساب عضو هیات علمی با حسابداری دانشگاه خواهد بود. در این تفاهم نامه کلیه تعهدات قرارداد از سوی دانشگاه به فرد هیات علمی منتقل میگردد و تعهدات طرفین به هم ذکر می­گردد. همچنین میزان بالاسریها، کسورات و نحوه پرداختها ذکر می­شود.
• در این مرحله کلیه صفحات قرارداد اصلی با کارفرما در کلیه نسخه ها توسط عضو هیات علمی امضا میگردد. سپس قرارداد امضا شده، برای امضا به واحد مربوطه در دانشگاه ارسال شده و امضا میگردد. قرارداد در نهایت برای امضا به کارفرما ارسال میگردد.
• اگر کارفرما نیاز به ضمانت نامه بانکی داشته باشد، دانشگاه میتواند بجای ضمانت نامه بانکی، خودش نامه ضمانت را تهیه و امضا کرده و به کارفرما تعهد نماید که ضرر و زیانهای احتمالی وارده را جبران نماید. معمولا 10% مبلغ قرارداد، میزان ضمانت­نامه است که اگر از یک حد بیشتر شود باید به امضای ریاست دانشگاه برسد.
• پس از امضای قرارداد، کارفرما قرارداد اصلی را به دانشگاه ارسال کرده و یک نسخه از آن به عضو هیات علمی ارسال میگردد. همچنین در سامانه پژوهشی یک رکورد قرارداد پژوهشی به نام عضو هیات علمی باز شده و قرارداد وارد اجرا می­گردد.

ج) اجرای قرارداد پژوهشی کاربردی

• کارفرما نامه ابلاغ کار را ارسال میکند. بر اساس آن و زمانبندی قرارداد، پروژه بایستی انجام شود.
• جلسات مورد نظر با کارفرما و گزارشات مرحله­ای تهیه شده توسط عضو هیات علمی، از سوی معاونت پژوهشی یا موسسه به کارفرما ارسال شده و میزان پیشرفت کار تایید شده از سوی کارفرما در معاونت پژوهشی ثبت می­شود.
• کلیه پرداختهای کارفرما از طریق شماره حساب پردیس و دانشگاه صورت میگیرد و این شماره حساب طی نامه ای رسما به کارفرما اعلام می­گردد. همچنین پیگیری بیمه و مالیات توسط معاونت پژوهشی پردیس صورت میگیرد. لازم به ذکر است که قراردادهای پژوهشی دانشگاه معاف از مالیات بوده و چون حساب اعلام شده، حساب خزانه دولت است و در واقع کارفرما کل مبالغ را به حساب دولت واریز میکند نیازی به تفکیک چک مالیات و واریز جداگانه وجه آن به حساب خزانه نمی­باشد. همچنین میزان کسورات بیمه، بستگی به افراد دخیل در پروژه و نظر شعبه بیمه داشته و پروژه به پروژه متفاوت است.
• یک کپی از رسید پرداختهای صورت گرفته از سوی کارفرما به دانشگاه، در معاونت پژوهشی ثبت شده و برای دریافت آن از خزانه دولت، کسر بالاسری و صدور چک به مجری اقدام می­گردد. معمولا این فرایند یک تا دو ماه طول می­کشد که در صورت کم بودن مبلغ، حسابداری معاونت پژوهشی از حساب جاری خود در یکی دو هفته پرداخت می­نماید. علاوه بر 12.5% بالاسری دانشگاه، مالیات بر پرسنلی به میزان 5% نیز از کلیه پرداختهای مربوطه بصورت علی الحساب کسر می­گردد.

د) اختتام پروژه پژوهشی کاربردی

• پس از اتمام پروژه و تحویل کلیه خروجی های قرارداد به کارفرما، عضو هیات علمی از طریق معاونت پژوهشی نامه درخواست اعلام اختتام پروژه را از کارفرما می­نماید. معمولا شش ماه زمان برای حسن انجام کار و میزان 10% مبلغ قرارداد نزد کارفرما باقی می­ماند. لذا تسویه حساب نهایی پروژه کارفرما معمولا شش ماه بعد و درصورت پیگیری عضو هیات علمی، انجام میگردد.

• به همراه نامه اختتام پروژه ارسالی از سوی کارفرما، عضو هیات علمی باید بر اساس موافقت نامه خود با دانشگاه، اقدام به تسویه حساب مالی با دانشگاه بنماید. برای این منظور باید فرمهای مربوطه به کلیه پرداختهای پرسنلی، مصرفی و سرمایه­ای را مطابق آنچه در موافقت نامه ذکر شده پر نموده و به همراه مدارک مربوطه با حسابداری تسویه نماید.

• در این مرحله 5% مالیات بر پرسنلی علاوه بر 12.5% بالاسری دانشگاه و مفاصاحساب بیمه درنظر گرفته شده و تسویه حساب کامل انجام می­‌گیرد.
• در نهایت حکم اختتام طرح توسط دانشگاه صادر شده و امتیازات  و گرنت کامل پژوهشی به مجری تعلق خواهد گرفت.

فرایند اجرایی پژوهشهای کاربردی و فرمهای مربوطه در وب سایت معاونت پژوهشی دانشکدگان فنی قابل دسترس هستند.